The other way round

了解です。今回はhtmlは触りませんのでスタイルシートに集中してください。

【ダークモード解除 + 暗色デフォルト】

非常にややこしいので注意深く作業してください。事前に複製を取ってくださいね。

まず
:root
で検索すると全部で5つ出てきます。最初の一つ目のルールセットが「デフォルト」です。
2つ目のルールセットがダークモードopt in時のスタイル指定で、近接に
/* darkmode 1/2 */
の目印が付いていますのですぐにわかると思います。2つ目の:rootのルールセットの最初の行は
--bgcolor-body: rgb(31,31,31);
で、最後の行は
--shadow_color: rgba(0,0,0,.6);
です。まだ下にも続いていますが今は気にせず1つ目と2つ目のルールセットだけに集中してください。

デフォルトのルールセットとダークモードのルールセット、それぞれ
[斜体][斜体]--bgcolor-body[/斜体][/斜体]: rgb(31,31,31);
上記のような形でスタイルが指定されており、左側の赤い部位(プロパティ)がデフォルトとダークモードで共通しています(右側の値(value)は異なります)

デフォルトとダークモードで [太字]共通しているものはデフォルト側を行単位で削除。[/太字] 
デフォルトとダークモードで [太字]共通していないものはそのまま残します。[/太字]、
間違ってダークモード側を消さないようにしてください。

消すべき行を全て消したら
/* darkmode 1/2 */
のすぐ下にある
@media (prefers-color-scheme: dark) {
という一行と、
/* end */
のすぐ上にある
}
という一行を消してください。

続いて
/* darkmode 2/2 */
で検索すると出てきますので、そのすぐ上にある
#comment_form input:-webkit-autofill
のルールセットを削除。続いて先程の
/* darkmode 2/2 */
のすぐ下にある
@media (prefers-color-scheme: dark) {
という一行と
/* end */
のすぐ上にある
}
という一行を消します。

以上がダークモードスタイルのデフォルト化です。

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TOCについてはTOC用のCSSにコメントが付いていますので、

/* 全体を囲うボーダー */
/* 全体背景色 */
/* 各リンク上部のボーダー */
/* リンク色 */

がカスタマイズ対象です。
私では求める答えはわかりませんので、ご自身で色調の調整を行ってください。
よろしくお願いします。

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* 念の為「ルールセット」の意味の説明

.xxx {
内容
}

このまとまりのことです。

SECRET