The other way round

こんばんは。

<nav id="toc"></nav> が記載されているページを発見できませんので、JSとhtmlの状態確認はできません。
今のところわかっているのはoverwrite用のJS(var container = 〜省略)は

[斜体][斜体]<script>[/斜体][/斜体]
ここにoverwrite用JS内容
[斜体][斜体]<script>[/斜体][/斜体]

赤字のようにscript要素になるようscript開始タグと終了タグで挟むようにしてください。
この作業を行った上で、記事内「追記」での<nav id="toc"></nav>記載を試してくださいね。よろしくお願いします。

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ひとつヒントとして、FC2に限らずweb一般知識で雛形コードが記載されているとき
「html(あるいは markup)」「CSS」「JavaScript(あるいは JS)」といったように言語名が記されています。
その中で「JavaScript」と明示があるものは通常

$(function() {
  $('body').on('contextmenu',function(e) {
    return false;
  });
});

こういう感じで書いてあります。で、これは前後の<script>と</script>が省略されています。
なぜかと言うと

こうしてscriptタグがついている場合それはscript要素となり、「html」の方に分類されるようになるからです。
つまりJSコードというのは

・外部ファイル化する(.jsで保存) = この場合ファイルの中身にscriptタグは付けません。付けるとエラー。
・インラインで記載する(インラインとはhtmlファイル内に直接記載することです) = この場合はscriptタグが必要です。

今回は外部化する or インライン
どちらもできるようにしてあるのでscriptタグを省いています。

htmlファイルに記載する内容は全てhtmlタグで囲まれている状態(html要素)でないと単なる文字列となってしまい、そのまま「文字」として描画されてしまいます。今立花家蛇足さんのページでもフッター付近にコードがそのまま表示されていますよね。
ですからhtmlファイル内にJSを記載(インライン)する際には必ず<script>と</script>で挟むようにしてください。
今後もいろんな指南ページでこういった場面に遭遇することがあると思いますので、この機会に覚えておかれると良いですね :)

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