The other way round

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> 各記事に区切り（空白行）を入れたい〜

既にカスタマイズされていますのでその状態からのお話ですが、トップページの各記事を「分割する(間に全体背景が見える)」のではなく「仕切り線を入れる」という解釈でよろしいでしょうか。
[太字].main-body[/太字]
で検索して頂きますとCSSソース内に2箇所ヒットしますが最初のものが対象です。
その括りの
padding: 0 0 20px;
の直下に

border-bottom: 数値px solid 色コード;

を追加してください。
数値は線の太さです。直線で良ければsolidのままで。
ボーダースタイルについてもご自身の好みで変更してください。

例) 2px太さ、点線、黒
border-bottom: 2px dotted #000000;

-----------
> サイドメニューのプラグインごとにも区切りを入れたい〜

[太字].side-menu[/太字]
で検索。5箇所あるうち最初のものが対象です。
width: 100%;
の直下に先の内容(各記事間ボーダー)と同じ要領で同じ内容を追加してください。

よろしくお願いします。

------  追記
今個別記事の方を拝見したら、個別記事の方は分割されているんですね。
.main-bodyはコメント投稿やトラックバックなども共通クラスですので、ここにボーダーを指定してしまうとトップページ以外・記事以外でも反映されてしまいます。
なので
[太字][/太字]
を目印に、直近にある
article class="main-body"
の部分を

[太字]article class="main-body[斜体][斜体] toppage-border[/斜体][/斜体]"[/太字]

に変更されまして、.main-bodyへのボーダーを指定を避け、

[太字].toppage-border {
border-bottom: 数値px solid 色コード;
}[/太字]

上記内容をCSSソース末尾に追加してください。
クラス名は変更して頂いて構いません。

SECRET